Оно возникло во второй половине XVII века как однодворческое поселение у живописной поймы небольшой речушки Осколец. По весне в пойме среди множества цветов и разнотравья гнездились чибисы, кулики, другая мелкая живность, а также дикие утки и гуси. С южной стороны поймы имелось небольшое озеро, которое питали незамерзающие ключи, и само озеро замерзало лишь в сильные морозы. Сюда-то и прилетали лебеди, давшие название селу.
Постепенно разрастаясь, оно стало делиться по названиям – Прулепово (Прилепы), Монастырь, Село, Моздовка, Хутор, сохраняя и своё общее название. В 50-х годах прошлого столетия в связи с начавшимися интенсивными работами по освоению богатств Курской магнитной аномалии и строительством Лебединского железорудного карьера начался и не менее интенсивный снос села Лебеди. Словно и впрямь стая лебедей снялась в урочный час с мест своих гнездовий и, разлетевшись по округе, осталась лишь в памяти тех, кто жил здесь.
Значительная часть лебедянцев осела недалеко от строящегося карьера по другую сторону Оскольца. Образовавшийся таким образом небольшой посёлок получил вначале официальное название «Мирный». Впоследствии это название было по праву всё же вытеснено названием «Лебеди». Позже посёлок Лебеди вошёл в состав города Губкина и стал его микрорайоном.
И ещё. После того как Лебединский карьер, захватывая всё новые и новые рубежи, полностью поглотил село Лебеди с его хатами, огородами и прилегающими полями, много лет единственным свидетельством существования здесь села была разрушенная лебедянская церковь во имя иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». Стояла опустошённая и как бы ушедшая в себя, глядя на мир, словно пустыми глазницами, пустыми проёмами дверей и окон. Окончательно была разрушена и снесена лишь в 1982 году при очередном расширении Лебединского карьера. Но бывшие лебедянцы-старожилы постоянно о ней вспоминали.
А 7 июля 2011 года над микрорайоном Лебеди проплыл колокольный звон. Это состоялось освящение надкупольных крестов и колоколов строящегося храма во имя иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость».